La agrupación Vida Río San Pedro denunció diversas amenazas que atentan contra el humedal, entre las que destacan que la zona se ha tomado como un depósito masivo de basura, donde cada fin de semana, voluntarios realizan una limpieza profunda; sin embargo, solo toma días para que vuelva a contaminarse con los desechos que se depositan en un área que debería ser protegida.
Así mismo, señalaron quema de vegetación y basura, tala de árboles, vertedero de aguas negras, depósito de escombro.
Desafortunadamente, el lugar que es hogar de flora y fauna, también es utilizado como escenario de prácticas reprobables, como consumo de alcohol, convirtiéndolo en una cantina al aire libre, donde son dejados los desperdicios que se producen de esta actividad, como una gran cantidad de botellas de vidrio y plásticas. También, es lugar para prácticas sexuales, donde es arrojada la basura relacionada, de la que cada semana son colectados preservativos desechados en la naturaleza; y también es utilizado como un letrina al aire libre, con restos de heces humanas y rastros de orina.
De acuerdo con Vida Río San Pedro, la cuenca del Río San Pedro cubre la totalidad de los municipios de Doctor Belisario Domínguez, Nonoava, Gran Morelos y General Trías, además de una porción de los municipios Cusihuiriachi, Chihuahua, Riva Palacio, San Francisco de Borja, Valle de Zaragoza, La Cruz, San Francisco de Conchos, Rosales, Satevó, Cuauhtémoc, Carichí, Delicias, Saucillo y Meoqui.
En diversas ocasiones, Vida Río San Pedro ha expuesto la problemática de la destrucción del humedal, señalando procedimientos de las autoridades como asfaltar o construir dentro del área que debería estar protegida; o una falta de atención a las obligaciones de vigilancia y conservación, lo que ha permitido que se tire basura, se deposite escombro, se arrojen animales muertos, se viertan aguas negras, se talen árboles, entre otras situaciones nocivas.
En la actividad de este sábado 6 de noviembre, los voluntarios de la agrupación reunieron llantas, puertas de madera, muñecas, cuadros artísticos, tablas, escombro, entre otros desperdicios depositados en el sitio.